Una auditoría realizada por la Contraloría General de la República (CGR) detectó importantes falencias en la gestión del Sistema Nacional de Registros de ADN, administrado mediante el software CODIS —suministrado por el FBI— y operado por el Servicio Médico Legal (SML). Según el Informe de Investigación Especial N°6 de 2025, a diciembre de 2024 el SML acumulaba cerca de 25.000 perfiles genéticos sin ingresar al sistema, lo que impide realizar cruces claves entre condenados, imputados, víctimas y evidencias en investigaciones penales.
El informe advierte que el retraso tiene múltiples causas. Por un lado, se identificaron demoras en los análisis que realiza Gendarmería y en el envío de las muestras biológicas al SML. Por otro, el propio SML presenta lentitud en el análisis, validación y determinación de huellas genéticas, lo que ha generado casos en los que han transcurrido hasta 13 años entre la toma de muestra y su ingreso a CODIS.
Otro hallazgo relevante es que el 85% de los perfiles genéticos elaborados por Carabineros y la PDI entre 2023 y 2024 —5.172 en total, elaborados a solicitud de la Fiscalía Nacional— no fueron enviados al SML ni ingresados al sistema, ya que solo se remitieron aquellos casos que fueron expresamente requeridos por fiscales del Ministerio Público.
La situación se agrava debido a que el SML no distribuyó oportunamente los insumos para toma de muestras a Gendarmería durante 2024, lo que generó un fuerte retraso en los procedimientos. Para diciembre de ese año, había solo 400 kits disponibles para una población penitenciaria que registraba 5.771 internos pendientes de toma de muestras.
Además, se constató que el sistema CODIS no ha sido actualizado desde 2009, lo que representa un riesgo tecnológico serio. El informe advierte que esta desactualización podría llevar a “la indisponibilidad de las operaciones” y a problemas como desconfiguraciones, pérdida de soporte técnico y falta de acceso a nuevas funcionalidades.
La Contraloría concluye que esta situación ha llevado a una subutilización del sistema, lo que “ha impedido realizar cruces entre la información genética de condenados, imputados, evidencias y antecedentes, víctimas, desaparecidos y familiares, además de identificar o excluir personas involucradas en una indagación penal y/o la correlación de diversas pesquisas criminales que tienen evidencia de huellas genéticas en común”.
Acciones correctivas
La CGR ordenó una serie de medidas. El SML deberá conformar una mesa de trabajo junto a la Fiscalía Nacional para mejorar el uso del sistema CODIS y reportar los avances a la Contraloría en un plazo de 60 días hábiles.
Además, Gendarmería y el SML deberán implementar mecanismos de control para asegurar la oportunidad en la toma y análisis de muestras biológicas.
En paralelo, el SML deberá oficiar a la Subsecretaría de Justicia para gestionar recursos y coordinar con Gendarmería la adquisición y distribución de kits de toma de muestras en todos los regímenes penitenciarios.
Por último, el Servicio Médico Legal tendrá que solicitar la actualización del sistema CODIS y de los equipos computacionales al SRCeI, para lo cual deberá elaborar un plan de trabajo con actividades, plazos y documentación de respaldo.
